Nach einem Brand im 1650 musste St. Nikolai komplett neu errichtet werden. Doch schon 1738 konnte sie wegen großer Baufälligkeit nicht mehr besucht werden. 13 Jahre sollte es dauern, bis der Wiederaufbau aus den Steinen des abgebrochenen Amtshauses Mariengarten beginnen konnte. 1756, 5 Jahre nach dem Beginn des Wiederaufbaus im Jahr 1751 konnte der erste Gottesdienst in dem neuen, schlichten Barockbau abgehalten werden. Erst 1768 waren auch der Innenausbau und die Dekoration abgeschlossen.

Die nächste umfangreiche Instandsetzung fand in den 1890er Jahren statt. In diesem Zug ergänzte man die Kirche um ein Türmchen. Außerdem wurde ein handgemaltes Buntglasfenster in die Ostwand hinter dem Altar eingesetzt – das Fenster, das heute in der Historischen Sammlung zu sehen ist.

Doch weniger als 50 Jahre später, im Jahr 1943, fand der letzte Gottesdienst in St. Nikolai statt. Schließlich entschloss man sich 1971 zum Abriss der Kirche: Sie war seit Jahren nur als Lagerraum benutzt worden, außerdem baufällig und der Platz wurde für Schulgebäude benötigt. Die Gebeine des alten Friedhofs wurden umgebettet, einige Schätze aus der Kirche entfernt. Dann rückten die Bagger an. Unter großer Anteilnahme der Bevölkerung blieb von der Oberkirche St. Nikolai nur noch ein Haufen Schutt.

Was blieb von St. Nikolai?

Die liturgischen Gegenstände, die Orgel, die Einrichtung und das Glasmalereifenster wurden vor dem Abriss aus der Kirche entfernt und fanden an unterschiedlichen Orten ein neues zu Hause:

Zwei Altarleuchter aus Zinn, Taufschalen, goldverzierte Kelche und Oblatendosen befinden sich heute in der Unterkirche St. Michaelis.
Die historische Denkmalorgel, 1795 von Joh. Wilh. Schmerbach (der Mittlere) erbaut und vom Patron von Hugo gestiftet, erklingt noch heute in der St. Martinikirche in Bischhausen. 

Der Altar, die Kanzel und auch ein Teil der Kirchenbänke wurden in die Kirche Gelliehausen eingebaut. Nach der Renovierung dieser Kirche  fanden diese Gegenstände keine Verwendung mehr. Nur das Kruzifix des Nikolaialtars versieht noch immer seinen Dienst in der Friedhofskapelle in Gelliehausen.
Ein Teil des Kirchengestühls fand eine ganz neue Bestimmung. Im Grenzdurchgangslager Friedland dienten sie den Geflüchteten im damaligen Lagerkino in der „Betreuungshalle Nr. 36“ als Kinositze.

Die Kirchentür der abgerissenen St. Nikolaikirche wurde als Eingangstür in das Haus des Heimatvereins auf dem Einzelberg eingebaut. Durch die ehemals auf der Nordseite der Kirche eingebaute Tür betritt man heute die Räume der Historischen Sammlung.
Hier zeigt der Verein auch weitere Überreste der Kirche, darunter die Wetterfahne mit Dokumentenkugel und der Taufbeckenständer. Und endlich fand im August 2017 nach umfangreichen Restaurierungsarbeiten auch das Glasmalereifenster seinen Platz in der Sammlung.

Aus der Unterkirche St. Michaelis gelangte ein ca. 1930 hergestelltes Buntglasfenster mit besonderer Geschichte in die historische Sammlung Groß Schneen. Das Fenster zeigt Wilhelm von dem Hagen als Ritter in Rüstung, umgeben von dem Spruch „Eine größere Liebe kann niemand haben, als dass er sein Leben lässt für seine Freunde“ (Joh 15,13).
Wilhelm von dem Hagen wurde 1881 in Groß Schneen geboren und fiel 1915 am Suezkanal als Offizier der türkischen Armee.

„Unter den Toten hatten wir leider auch den Hauptmann von dem Hagen zu beklagen, einen jungen, frischen, tüchtigen und hervorragend tapferen Offizier. Ich hatte ihn damit beauftragt, das Übersetzen am linken Flügel zu leiten; er fiel, von einem Kopfschuß getroffen […]. Die Engländer haben ihn am Ufer des Kanals begraben.“ (Friedrich Kress von Kressenstein: Mit den Türken zum Suezkanal“, 1938, S. 95)

Um 1930 gab seine Familie bei der Künstlerin Lina von Schauroth ein Fenster zu seinem Gedenken in Auftrag. Von Schauroth war Mitglied der Frauenorganisation des paramilitärischen, deutschnationalen Stahlhelm, der während der Weimarer Republik gegen die Demokratie und für die Wiedereinführung des Kaiserreichs kämpfte. Dementsprechend trägt von dem Hagen zu seiner mittelalterlichen Rüstung einen zeitgenössische Stahlhelm. Zudem ist der ihn umgebende Bogen mit Tatzenkreuzen verziert, die durch ihre Ähnlichkeit mit dem Eisernen Kreuz von dem Hagen in eine preußisch-militärische Tradition stellen. Bei der Renovierung von St. Michaelis im Jahr 1934 tauschte man eines Fenster auf der Südseite der Kirche gegen das Fenster der von dem Hagens aus.

1986/1987 wurde St. Michaelis erneut renoviert. Hierbei ersetzte man Lina von Schauroths Fenster wieder durch das Fenster, das sich vor 1934 an dieser Stelle befunden hatte. Das ging nicht ohne Kontroverse vor sich: Manche sahen das Motiv als kriegsverherrlichend an und somit in der Kirche fehl am Platz. Andere wollten das Fenster als historisches Zeugnis an seinem Platz belassen. Schließlich einigte man sich darauf, dass der Heimatverein Groß Schneen das Fenster in seine Sammlung aufnehmen sollte.